אגף התיפעול אחראי על מגוון פעילויות המחזור ברחבי פרדסיה. המיחזור כולל איסוף בקבוקי פלסטיק, איסוף נייר וקרטון, פלסטיק, בגדים, זכוכית ומתכת וכן מיחזור חלק מכמויות הגזם המפונה בישוב. כמו כן נאספות סוללות משומשות.
לצורך כך המועצה הקימה ברחבי הישוב מרכזי מיחזור לקליטת החומרים למיחזור.

רשימת מיקום המרכזים ראה להלן:

מיקום מרכזי מיחזור בפרדסיה
מס' מיקום פלסטיק נייר בגדים קרטון זכוכית מתכת
1 רח' התהילה מול גן לכלבים  •
2 רח' התהילה ליד תיבות הדואר      
3 רחוב הרותם בצומת היסמין      
4 שד' ניסים בגן ניסים      
5 בי"ס "תפוז"
6 רח' הארז (ליד הסופר)      
7 רח' שבזי (ליד קופ"ח מול המועצה)  
8 רח' יונה פישר ליד חניון גנים      
9 רח' יונה פישר גן הבנים (ליד שער 2)        
10 רח' הדקל פינת רימון        
11 רח' ההדרים פינת התדהר      
12 רח' הרימון (ביכנ"ס אוריה)    
13 שבזי (ליד הסטודיו)        
14 רח' הברוש ליד גני הילדים/דואר