אגף התיפעול אחראי על מגוון פעילויות המחזור ברחבי פרדסיה. המיחזור כולל איסוף בקבוקי פלסטיק, איסוף נייר וקרטון, פלסטיק, בגדים, זכוכית ואריזות וכן מיחזור חלק מכמויות הגזם המפונה בישוב.

כמו כן נאספת פסולת אלקטרונית במחסן הנמצא באולם הספורט של בי"ס תפוז. יש לתאם עם אב הבית של האולם, דוד הב, בטל' 09-8949234.

המועצה הקימה ברחבי הישוב מרכזי מיחזור לקליטת החומרים למיחזור.
רשימת מיקום המרכזים ראה להלן:

מיקום מרכזי מיחזור בפרדסיה
מס' מיקום פלסטיק נייר בגדים קרטון זכוכית אריזות
1 רח' התהילה מול גן לכלבים  •
2 רח' התהילה ליד תיבות הדואר      
3 רח' הרותם בצומת היסמין      
4 שד' ניסים בגן ניסים      
5 בי"ס "תפוז"
6 רח' הארז (ליד הסופר)        
7 רח' שבזי (ליד קופ"ח מול המועצה)  
8 רח' יונה פישר ליד חניון גנים        
9 רח' יונה פישר גן הבנים (ליד שער 2)      
10 רח' הדקל פינת רימון        
11 רח' ההדרים פינת התדהר      
12 רח' הרימון (ביכנ"ס אוריה)  
13 רח' שבזי (ליד הסטודיו)      
14 רח' הברוש ליד גני הילדים/דואר  
15 שבזי  (ליד מרכז יום לקשיש)          
16 דרך האחווה (כיכר אליפטית שד' בן גוריון)          
17 רח' החרצית מול הספריה          
18 רח' ניצנית           
19 רח' בשמת פינת רח' חמנית          
20 רח' הדס פינת הסיגלית           
21 גן תות          
22 גן השקמה           
23 רח' הרעות (שצ"פ תיבות הדואר)        
24 רח' שגיא