אגף הנדסה ותשתיות אחראי לקיום פיקוח שוטף על ביצוע חוק רישוי עסקים ותנאי הרישיון ומרכז את נושא הנפקת רישיונות לעסקים טעוני אישור, תוך תיאום עם הגורמים המוסמכים בהם משטרת ישראל, משרד הבריאות, מכבי אש, איכות הסביבה ועוד.

מבוצעות ביקורות בבתי העסק לקראת חידוש הרישיון לבדיקת העמידה בתנאי הרישיון וכן ביקורות תברואה שגרתיות. עיקר העסקים המצויים תחת פיקוח הם עסקי המזון למיניהם (מסעדות, בתי קפה ועוד) עסקי מסחר, בתי מרקחת ומקומות עינוג ונופש, ספורט ומים. האגף מסייע לבעלי עסקים חדשים לקבל רישיון עסק על ידי הכוונה, הסברה וליווי צמוד והדוק עד מועד הנפקת הרישיון.

כן עוסק האגף בנושאים הנוגעים לאיכות הסביבה כגון רעש וריחות מבתי עסק, רעש, חומרים רעילים וכדומה, ולצורך כך מסתייע בייעוץ מקצועי של המשרד לאיכות הסביבה.